Darwin 1859-ben kiadott, közel 1500 oldalas kéziratából egy tömörített 490 oldalas változatott készített A fajok eredete természetes szelekcióáltal, avagy az előnyös tulajdonságú fajok fennmaradása az életért folytatott harcban címmel. Darwin könyve első ránézésre semmiben sem tűnik ki a kor többi tudományos műve közül, az átlagos olvasó számára nyelvezete túlságosan tudományoskodó, nem igazán közérthető. A szöveg több helyütt belső ellentmondásokat tartalmaz, és hemzseg az elmélettel kapcsolatos bizonytalankodásra utaló kifejezésektől. A „feltételezhetjük" kifejezés például 180-szor fordul elő a műben. Darwin összesen hatszor adta ki a könyvet. Ez idő során 5642 mondatot írt át, és több százat törölt belőle. Ennek ellenére is az új kiadásokból bizonyos részeket a szerkesztőknek egyszerűen ki kellett hagyniuk, az időközben nyilvánvalóvá vált tudományos abszurditások miatt. Az evolúció kifejezés egyébként egyszer sem fordul elő a műben, a hatodik kiadásban is csak az evolvált szó szerepel.

1871-ben Darwin kiadta Az ember származása című munkáját. Majd egy évre rá Az ember és az állat érzelmeinek kifejezése címmel újabb könyveit, amelyekben már tudatosan összemossa az ember és az állat közti határokat, kijelentve, hogy nincs nagyobb különbség az emberi és állati érzelmek, gondolkozás között. Elmélete, hogy a világnak nincs szüksége természetfölötti erőre ahhoz, hogy az élővilágnak egy olyan változatos és bonyolult rendszerét alakítsa ki, mint azt a földünkön megfigyelhetjük, hanem már eleve önmagában hordozza az erre való képességet. Így lett tudtán kívül az élete végéig Istenben hívő Darwin - a - „az ember, aki megölte Istent".